のほほんと遊んで暮らしていた青年ヒース・γ・ラジエル。父公爵に呼ばれたヒースは、天帝のお告げもあり嫌々ながら継承のための武器を探す旅に出ることになった。

　ここには天使と悪魔、聖獣と魔獣が棲んでいる。普段は天帝の棲む絶対領域から出られない人間だが、許されたヒースは、たまたま拾ったフリフリ(本当は識神)と一緒に旅を始める。

　ヒースは、先に旅に出た二人の兄の死について尋ねるために、聖獣や悪魔と会うのだが。兄たちとの確執を思い出していく。

　そうして目的の武器・薔薇姫を手に入れて帰路につくが。待っていたのはサゲイシャス・ウォフ・マナフ。彼は大幻界で行方不明になった妹を捜さないラジエル一門を強く恨み、兄二人を殺したのだ。薔薇姫の変化した剣バラッドで彼の想いを知ったヒースは、彼の妹シャーリーナを愛していたことを激白するのだった。

　一方。ラジエル公は天帝に呼ばれ、ヒースが大幻界(だいげんかい)創造の際、引き摺り込まれた魔術師の血を濃く受け継いでいると告げられる。父と天帝の双方によってヒースは試されたのだ。

　そして帰還したヒースは、孤独だったことをフリフリに語り、フリフリは傍を離れないことを約束する。

　図書館学園は、本に関して、呪いや禁書などオカルトや魔術までも網羅する特殊なカリキュラムを持っていた。

　学園の一年生、人見朋美の学園生活は驚きの連続だった。人間を本にする方法、深夜の図書館でのお茶会、人間の全てを記録するスクリプター、ダウジングでの本探し、禁書エリアの探索。

　後期の講義で教授から卒業試験についての説明が行われた。卒業試験は、試験問題そのものが秘密だという。　やがて、朋美は学園の謎に気づき始める。なぜ学期末の度にノートや日記を回収するのか、なぜ後期から二十三人もの学生が入学してきたのか、なぜダウジングの石は禁書エリアを指すのか……

　この学園の図書館は、過去の偉大な人々を、本の姿に変えて保管していたのだ。本は、放置すると新しい時代に合った内容や表現ではなくなり陳腐化してしまう。定期的に本を人間に戻して、内容や表現を時代にあったものに変えるのだ。人間に戻った人々は、学生として一学期を学園で過ごし、学期末に本に戻る。一般の学生は、その記憶を消されてしまう。そのことに気づき、記憶を取り戻すことが卒業試験なのだった。

　謎を解いた朋美は業試験をパスした。

　友人の安彦からもらった薬を飲んだ悟は、深い夢の世界に落ち、とある地下室にたどり着いた。そこは、どうやら、他人の夢と行き来が出来る部屋だった。悟は色々と試し段々とこつを得るようになっていく。

　危険な事件があった後、安彦が訪ねてきて、この薬の本当の意味を悟に教える。

　実は部屋には死んだと言われた悟の母が二十年以上閉じこもっていて、助けにいって欲しいとのことだった。

　悟は母を捜し出し、現実の世界に引き戻すことに成功する。しかし、悟自身がトラブルにあい、戻ることが出来なくなってしまったのだ。

　悟はそこで、考えた。もしかしたら、この世界で、神になれるかもしれないと。

　酒木(さかき)が恋する小手鞠(こでまり)は、いつも手袋をはめた冷たい少女だ。ある時、小手毬の素手が酒木の服に触ると、変な形になってしまった。小手鞠は素肌の両手で物を触ると、物がツギハギの姿になってしまう妙な力があった。彼女の保護者は、その力を追求するためのサロンを作っていた。酒木はそのサロンで、勢いで小手鞠に告白してしまう。その様にサロンメンバーは、酒木を使って力を解明する計画を立てる。

　小手鞠邸に招かれた酒木は、彼女が鳥を呼ぼうとしていると知る。彼は喜んでもらおうと鳥を探すが、小手毬は冷たくあしらう。しかし酒木がさすがに怒ると、彼女も初めて謝った。更に直後のツギハギ現象は若干の制御が見られた。

　酒木は鳥を捕まえたが、サロンの他の女性に先に見られてしまう。小手鞠はショックを受け、力が暴走する。酒木が小手鞠を助けようと素手に触れた瞬間、彼女は酒木を傷つけたくないと叫ぶ。するとツギハギ現象は起きず、混乱も収まった。

　サロンの計画は成功した。彼等はツギハギ現象を、小手毬の本音を隠す心理が引き起こすと踏んでいた。そこで小手鞠を揺さぶるべく、酒木を招いていたのだ。

　小手鞠を心から愛する彼等は、二人を見守るのだった。

　時は近未来。人類の地球からの駆除を目指す『天使』と名乗る超生命体に対抗する『ルシフェル』という秘密組織があった。

　笠井真由実と高野正志は幼馴染で『ルシフェル』に所属する戦闘員でパートナーを組んでいる。

　物語は、真由実が自らの不注意で『天使』との戦闘で致命的なダメージを受け、機械化改造人間になった所から始まる。

　機械化人間になった真由実は、乳房を揉まれる事で正志からESPパワーを充填してもらい、ビームとして発射する能力などを与えられた。

　色々な身体の仕様に羞恥と反感を覚える真由実だったが、戦闘能力の向上のために、前向きに戦線復帰し、『天使』との戦闘で着々と戦果を積み上げていく。

　やがて、正志と真由実のコンビに脅威を感じた『天使』は、幹部達を次々と送り込んで来る。

　通信を司る天使ガブリエル。そして、情報を司る天使ラファエルを倒した二人の前に、天使の長ミカエルが立ちふさがる。

　圧倒的な力を持つミカエルだったが、真由実の最終兵器『ちくびーむ』の前に敗れ去る。

　そして、天使達との戦いは終わりを告げたのだった。

　クグは砂漠を歩いていた。水も食糧もない。いつ死んでもおかしくない状況で、森を内包したドーム群を見つけた。

　そのドームの中で、ロザリンドは森の生態系を管理していた。ところがある日、突然閃いて、動物を造り出してしまった。本人には自覚はないが、一度絶滅したほ乳類である。

　だが、それはこの世界では存在していない生物であり、また現時点で森の生態系を維持する上では邪魔なものである。しばらくの間、隠して飼育していたが、やがて上司や同僚にばれて、動物達は処分されそうになる。

　ロザリンドは慌てたが、突然現れたクグが一時的に彼らを退けた。

　しかし、彼は動物をここから撤去させることと、この件に絡む関係者の記憶を抹消することが自分の仕事だと主張する。ロザリンドは抵抗しかけたが、素直に記憶を差し出せば、動物達の命は助ける、という彼の提案に仕方なく同意した。

　彼女達には僅かな違和感を残しつつ、日常は回復され、クグはそれを確認して、再び旅に出る。